Geografía San Francisco ocupa el extremo septentrional de una península situada entre la bahía homónima y el océano Pacífico, en la parte central de la costa californiana. De hecho, el término municipal incluye a varias islas situadas dentro la bahía, entre ellas la famosa de Alcatraz, antiguo penal, así como las islas de los Farallones, a 43 kilómetros de la costa.